O município de Nova Friburgo é banhado pelas bacias do Rio Grande, Rio Bengalas, dos Ribeirões de São José e do Capitão e do Rio Macaé. Os principais rios que cortam o centro da cidade são: O Rio Santo Antônio, Rio Cônego e o Rio Bengalas, que se forma ápos o encontro destes rios.

O Rio Cônego nasce da junção do Córrego Caledônia, Córrego Bambuaçú e do Rio Cascatinha, no mesmo bairro.Percorre os bairros da Cascatinha, Santo Antônio, Cônego, Olaria, Bela Vista, em sua parte baixa e centro. Já o Rio Santo Antônio nasce no bairro do Debossan, corta as localidades de Mury, Ponte da Saudade, Bairro Ypú e centro, e juntamente com o Rio Cônego formam o Rio Bengalas.

O Rio Bengalas, durante seu percurso entre o centro da cidade e a cidade de Bom Jardim recebe as águas dos pequenos córregos que vem das partes altas da cidade, principalmente dos bairros Braunes, Tinglye ainda as águas do Córrego do Relóge ou relógio, do Córrego dos Inhames e do Córrego D'Antas. Desaguá no Rio grande, no distrito bomjardinense de Banquete.

O Rio Macaé nasce na localidade de Verdun, distrito de Mury e segue rumo leste do município, em direção a Lumiar. Em Lumiar, recebe as águas de diversos rios, como o Rio Bonito e o Rio São Pedro. Possui diversos trechos cheios de cachoeiras, o que propicia a prática de esportes radicais, como o rafting, bóiacross e a canoagem, que fazem de Lumiar um dos mais importantes redutos de esportes radicais do estado, acontecendo aqui competições como os Circuitos Estadual e Nacional de Canoagem, muito concorridos.

Os Ribeirões de São José e do Capitão nascem no distrito de Amparo, cortando grande área rural da localidade. O Capitão desagua no São José, que por sua vez desagua no Rio Grande, já na cidade de Bom Jardim.

Infelizmente são rios poluídos, devido a grande quantidade de agrotóxicos lançados in natura pelos lavradores e pela falta de saneamento básico nas regiões, onde o esgoto domiciliar é lançado sem qualquer tratamento em suas águas.

O Rio Grande nasce na Serra do Morro Queimado no bairro de São Lourenço, localizado no terceiro distrito de Nova Friburgo, Campo do Coelho zona rural da cidade. Rio que banha as áreas rurais da cidade cortando bairros como Conquista, Campo do Coelho, Rio Grande de Cima, e o distrito de Riograndina. O Grande é um dos mais importante afluentes do Paraíba do Sul, rio que nasce em São Paulo e desagua em São João da Barra, norte fluminense, cortando os estados de Minas Gerais e Rio de Janeiro.

Sofre com a erosão causada pelas enxurradas e por causa das construções irregulares as suas margens. A poluição também prejudica a saúde do rio, já que um dos mais importantes mananciais de abastecimento de Nova Friburgo e de quase toda região serrana norte depende dele. Ao longo de seu curso até o Paraíba, recebe dejetos industriais e residenciais de vários municípios, tais como Bom Jardim, Cordeiro,Macuco,Trajano de Moraes e São Sebastiao do Alto.

Recebe águas de vários rios importantes como o Rio Negro, que nasce em Duas Barras e forma, junto com o Grande, o Rio Dois Rios, na divisa entre Itaocara e São Fidélis, norte do estado.